En una situación en gran medida independiente de la película Madagascar, la serie sigue las aventuras de cuatro pingüinos, Skipper (el líder del grupo), Kowalski (el inteligente), Private/Cabo (el menor y adorable) y Rico (el experto en armas), en la Ciudad de Nueva York en el Zoológico de Central Park. Los pingüinos llevan sus misiones en su hábitat en el Parque Central. Participan Julien, el rey de los lémures, y sus súbditos Maurice y Mort, sus nuevos vecinos, que constituyen la exhibición de lémures en el zoológico. Ahora los pingüinos deben mantener las cosas bajo control, a menudo a pesar de las payasadas de los lémures.