서기 2050년. 아이들과 친구처럼 지내는 노신부 클리포드(Clifford: 마틴 쇼트 분)는 가출하려던 소년 로저(Roger: 벤 세비지 분)를 데리고 자신의 어린시절 얘기를 들려준다. 어린 클리포드는 공룡에 열중해있는 장난기 넘치는 소년. 부모님과 함께 하와이로 향하는 비행기에 탄 그는 LA에 들려서 다이노서 파크를 구경하게 해달라고 조르다가 야단을 맞는다. 그런데 그들이 탄 비행기가 갑작스럽게 계기 고장으로 LA에 비상 착륙하게 되고 클리포드의 부모는 그가 원하는 대로 그를 LA의 마틴 삼촌에게 부탁하고 떠난다. 다이노서 파크에 가게된 것을 기뻐하는 클리포드. 마틴 삼촌은 약혼녀 사라(Sarah Davis: 매리 스틴버겐 분)와 함께 그를 반갑게 맞는다. 그러나 삼촌 집에 도착한 순간부터 그는 말썽을 피우기 시작한다. 더구나 마틴이 회사일이 바빠져 다이노서 파크에 데려갈 수 없다고 하자 클리포드의 말썽은 장난의 정도를 넘는다. 사라 부모님의 결혼기념일 파티에서 마틴(Martin Daniels: 찰스 그로딘 분)의 칵테일을 핫소스와 바꿔치고 그의 자동응답기에 녹음된 목소리를 조작해서 시청에 폭탄을 장치했다는 내용의 협박 테이프를 경찰에 보내 파티장소에서 마틴을 경찰에 끌려가게 한다. 간신히 풀려난 마틴은 클리포드에게 얌전히 해줄 것을 약속받지만 그의 장난은 갈수록 정도를 더해 가는데