Robotnik se întoarce, de data asta cu un nou partener, Knuckles, în căutarea unui smarald care are puterea să clădească, dar și să distrugă civilizații. Sonic face echipă cu Tails, noul lui partener, și împreună se îmbarcă într-o aventură pentru a găsi smaraldul înainte ca acesta să cadă pe mâini greșite.