Нео вече разполага с по-голям контрол върху свръхестествените си сили, след като Зион пада под обсадата на Армията на Машините. Само часове делят последният човешки анклав на Земята от 250,000 стражи, програмирани да унищожат човечеството. Но за гражданите на Зион, насърчавани от обещанието на Морфей, че Един ще изпълни Пророчеството на Оракула и ще донесе победа във войната с Машините, всички надежди и очаквания са съсредоточени в Нео. А той се сблъсква с объркващи видения, докато търси посоката, в която да действа.