Действието на Аватар: Природата на водата се развива 14 години след събитията в Аватар. Джейк Съли (Сам Уортингтън) живее щастливо заедно с Нейтири (Зоуи Салдана) и техните деца, но когато стара заплаха надвисва отново над Пандора, двамата са принудени да напуснат дома си, отправяйки се към различни региони на изобилстващата от живот луна и да търсят помощта на други на‘ви племена. Неприятностите обаче ги следват плътно по петите…