Vůdce Rakeťáků, Giovanni, konečně dopátral. V odlehlé oblasti regionu Johto našel Mewtwoa, kterého se okamžitě snaží odchytit. Ash a jeho přátelé jsou uneseni Dominou, novou členkou Rakeťáků, a zároveň se snaží zachránit Pikachua, kterého zase mají Jessie a James. Pokémonští kloni jsou také odchyceni, a tak se stávají návnadou pro Mewtwoa. Nastává bitva mezi Mewtwoem a Giovannim. Jak tohle jen může dopadnout?