Poté, co se mu podařilo zachránit celou planetu a své přátele před všehoschopným zlounem Doktorem Robotnikem, mohl by si Sonic vzít trvalou dovolenou. To by ovšem nesměl existovat tajný vládní program označený „Projekt Shadow“ (tak letitý, že na něm pracoval už Robotnikův dědeček). Jeho výsledkem bylo stvoření Sonicova zlého dvojčete, tvora s neuvěřitelnou silou a schopností teleportace. A tenhle nezmar teď půjde oblíbenému modrému ježkovi po krku. Když Sonic pozná, že je Shadow nad jeho síly, rozhodne se v zájmu vyššího dobra spojit s tím, s kým by to za normálních okolností nikdy dohromady nedal – s Doktorem Robotnikem.