Efter i årevis at have været beskyttet mod den menneskelige verden sætter Turtle-brødrene sig for at vinde newyorkernes hjerter og blive accepteret som normale teenagere gennem heroiske handlinger. Deres nye ven April O'Neil hjælper dem med at kæmpe mod et mystisk forbrydersyndikat, men de kommer snart ud på dybt vand, da en hær af mutanter slippes løs på dem.