Hvis du nogensinde har spurgt dig selv, om folkene bag Højt at flyve! og Høj pistolføring er vanvittige, er svaret "ja". Og Top Secret er det endelige bevis! Top Secret! sætter den amerikanske rockstjerne Nick Rivers (Val Kilmer) op mod den frygtede østtyske overkommando. Der er et kapløb med tiden, hvor Nick slår sig sammen med Hillary Flammond (Lucy Gutteridge) for at finde hendes far, før han kan skabe det ultimative supervåben - Polaris-minen. Undervejs lykkes det for Top Secret! at behandle de store krigs- og Elvis-film som Højt at flyve behandlede katastrofefilmene...