Die Erde hat den Krieg gegen eine außerirdische humanoide Rasse, die Illumiden, verloren und muss alle Kolonien auf anderen Planeten aufgeben. Die überlebenden Kolonisten müssen für die Besetzer auf der zerstörten Erde als Sklaven arbeiten. Captain Harlock, der ein Flüchtlingsschiff zur Erde fliegt, erkennt, dass seine Verlobte Maya einen illegalen Rebellionssender betreibt, und weigert sich daraufhin den Illumiden zu dienen. Nach dem gescheiterten Versuch Harlocks und seiner Freunde den Planeten Tokarga und seine Bevölkerung vor der Vernichtung durch die Illumiden zu bewahren, wird Harlock von der Erde verbannt. Seine noch lebenden Freunde und Verbündeten gehen mit ihm ins Exil. Zedas schlägt Harlock ein Duell vor, dass dieser mit Hilfe eines Visiergerätes aus dem Zweiten Weltkrieg gewinnt. Anschließend greift Harlock die illumidische Flotte an.