Black★Rock Shooter ist die Geschichte von Mato und Yomi, zwei Mädchen, deren Schicksal und Freundschaft zwischen zwei Welten verfangen ist. Obgleich völlig unterschiedlichen Charakters haben die beiden eine geheimnisvolle wie starke Bindung zueinander. Während ihre Freundschaft wächst, kommt es in einer parallelen, anderen Welt zu einem Kampf zwischen zwei mysteriösen Kreaturen: Dead Master und Black Rock Shooter. Dieser Kampf hat auch fatale Auswirkung auf das Leben von Mato und Yomi in der realen Welt...