Después del ataque anterior de Godzilla, se desata una carrera armamentística en miniatura para recolectar sus células. Preocupado por el posible regreso de Godzilla, el gobierno japonés utiliza las células para crear una nueva arma biológica, ANEB (bacterias antinucleares). Buscan la ayuda del genetista Genshiro Shiragami, cuyos experimentos dan como resultado una nueva mutación.