Ninja Assassin narra la historia de Raizo (Rain), uno de los mejores asesinos del mundo. Raizo es un niño de la calle transformado en una máquina entrenada por el Clan Ozunu, una sociedad secreta la cual se cree que es un mito. El asesinato de uno de los amigos de Raizo por el mismo Clan hace que él huya y desaparezca. Ahora el espera el momento indicado para la venganza. En Berlin, la agente de Europol Mika Coretti (Naomie Harris) ha chocado con una pista que demuestra que asesinatos políticos tienen vinculación con asesinos del Lejano Oriente. Desafiando las ordenes de su superior, Ryan Maslow (Ben Miles), Mika investiga mas a fondo para saber la verdad detrás de los asesinatos. Este descubrimiento la convierte en un blanco del Clan Ozunu y asesinos son enviados tras ella liderados por el letal Takeshi (Rick Yune), para silenciarla para siempreto. Raizo salva a Mika de sus atacantes, pero ahora el sabe que el Clan no descansará hasta que ambos sean eliminados.