Una empresa maderera y minera que trabaja en el norte de Japón quebranta un conjunto de sellos mágicos enterrados bajo la tierra causando la liberación de Death Ghidora, un enorme monstruo de tres cabezas que había exterminado previamente toda la vida en Marte y que causó la extinción de los dinosaurios en la Tierra. Cuando Death Ghidora comienza a absorber la energía vital del medio ambiente, lo único que puede salvar al planeta de la destrucción es Mothra, el insecto volador gigante