Cuando Sakura es poseída por la sombra, Shirou arriesga su propio cuerpo y mente para salvarla deteniendo el Santo Grial contaminado, enfrentándose a su ahora corrompido Servant Saber en el proceso. Aliados con el sacerdote rebelde Kirei Kotomine, su compañero competidor Illyasviel von Einzbern y el servant Rider desplazado de Sakura, Shirou y Rin entran en una carrera contrarreloj para rescatar a Sakura de la locura y poner fin a la Guerra del Santo Grial de una vez por todas, antes de que el Grial corrupto pueda provocar. El fin del mundo.