Amigo se centra en Rafael Dacanay, cabeza del barrio de San Isidro, en una área arrocera de Luzón, Filipinas. Su hermano Simón, jefe de la guerrilla local, ha obligado a la Guardia Civil española a retirarse de su avanzada y encarga a Rafael que encarcele al Capitán de la guarnición y a un fraile español, el Padre Hidalgo, en nombre del gobierno revolucionario. Pero cuando el General Aguinaldo llegan, el oficial español y el Padre Hidalgo son liberados, una guarnición al mando del Teniente Ike Compton permanece para "proteger" el barrio. La política de ocupación estadounidense evoluciona de “corazones y mentes” a “concentración” (lo que se denominó “hamletting” durante la guerra de Vietnam) y Rafael tiene que responder tanto ante los americanos como ante los patriotas filipinos, con consecuencias mortales.