Segunda película de una trilogía basada en las novelas originales de Ubukata. La protagonista de la historia es Rune Ballot, una prostituta adolescente en la ciudad de Mardock. No pasa mucho tiempo hasta que Shell, el dueño de un casino y con otros tantos negocios turbios entre las manos, decide que sea su protegida. Rune está agradecida por lo que Shell ha hecho por ella, que la ha sacado del mundo en el que estaba y le ha dado todo lo que ha necesitado, pero siente la imperiosa necesidad de saber porqué ella, por qué no a otra. Investigar el pasado de Shell será su gran error, ya que la reacción del mismo será intentar matarla a toda costa, con lo que revienta un coche con ella dentro. En Mardock la tasa de criminalidad es poco menos que alarmante exagerada, así que se pone en marcha una nueva ley conocida como “Scramble 09” que permite a la policía tomar acciones que hasta ese momento se consideraban ilegales o brutales con tal de combatir todo crimen.