Una noche, el estudiante de secundaria Sho Fukamachi descubre un misterioso objeto metálico. Luego, en un destello de luz cegadora, Sho descubre que se ha fusionado accidentalmente con Guyver, un mecha de misterioso diseño alienígena. Ahora, para salvar a su novia, Mizuki Segawa, junto con el mundo entero, Sho debe convertirse en el Guyver para luchar contra Chronos Corporation y sus biocriaturas, llamadas Zoanoids, que están empeñados en dominar el mundo.