Au retour de ses vacances d'été, la vie de Ben 10 est un désastre. Humilié par son professeur, harcelé par des petites brutes, puni par ses parents et maudit par un Omnitrix dysfonctionnant, Ben s'empare d'une opportunité qui lui permettrait de tout lâcher et part explorer la galaxie avec son copain Tetrax. Mais il se retrouve très vite renvoyé sur Terre sous l'aspect d'un alien et il rencontre alors un guerrier qui a pour unique but de détruire tous les aliens.