Yato est un dieu errant oublié par les humains. Il parcourt le Japon afin d’exécuter les vœux des mortels dans l'espoir de pouvoir convertir assez de fidèles pour avoir enfin un temple à son honneur et un culte digne de ce nom. Son destin se retrouve bouleversé le jour où il croise une collégienne, Iki Hiyori, qui risque sa vie pour le sauver d'un accident de la route. Cet événement transforme cette dernière en demi-fantôme et, déterminée à retrouver son état normal, elle décide de suivre Yato jusqu'à ce qu'il accepte de résoudre son problème.