Andrew atya (Gabriel Byrne) a Vatikán egyik szaktekintélye, a megmagyarázhatatlan csodákkal foglalkozik. Brazíliába küldik, ahol egy kisváros templomában könnyezni látták a szentek szobrait. Közben Amerikában furcsa dolgok történnek egy egészen nyugodt, mindennapos lánnyal. Frankie (Patricia Arquette) először orvosokhoz és pszichológusokhoz fordul magyarázatért. Testén kiütköznek Krisztus szenvedésének jegyei, a stigmák. Az egyház Andrew atyát értesíti. A lánnyal való találkozáskor a pap megérzi a fenyegető, ellentétes erőket. Nyomozása során kétezer éves imaszöveg kerül elő, amely mintha korunk emberét figyelmeztetné valami közelgő tragédiára.