Századokkal ezelőtt Japánban, volt egy ninja klán Yamata vezetésével, az Iga Ninja. Egy napon nagy fényjelenség kíséretében egy hatalmas tűzgolyó csapódott a közeli erdőbe. A harcosok bevágtattak a fák közé, a furcsa jelenséget kutatva. Meglepetésükre olyan ellenséget találtak ott amilyet még nem láttak azelőtt, az alien-eket. Az brutális alien-ek azonnal támadást indított az ott lévő csoport ellen, mely után csupán néhányuk maradt életben. Yamata és maroknyi harcosa óriási erővel és küzdelemmel tudtak csak életben maradni, azonban fel kellett ismerniük, hogy fegyvereik nem megfelelőek egy ekkora harchoz. Most Japán legnagyobb Iga Ninja harcosainak szembe kell nézniük a valaha volt legnagyobb összecsapással