Paradox, egy jövõbõl származó illetõ a film fõgonosza. Azért született hogy vezesse és rombadöntse a világot. Yusei Fudo, (yugioh 5ds) szörnyét, a Csillagpor sárkányt, elrabolja Paradox. Az idõben képes utazni, így ér el Judai Yuki-hoz is (Yu-Gi-Oh! GX) a tehetséges elementál hõs párbajozóhoz. Ekkor tudja meg Yusei az igazságot, hogy mi is folyik valójában. Így õ is útrakel. Paradox nyomába erednek, aki már a legendás párbajozóhoz, Yugi Mutou-hoz tart (Yu-Gi-Oh! DM). Yusei és Judai találkoznak Yugival, és egyességet kötnek hárman. Egyesítik erejüket és tehetségüket, hogy harcbaszálljanak Paradox ellen, és hogy ezzel megóvják a világot és visszaszerezzék Yusei Csillagpor Sárkányát. Nagy csata veszi tehát kezdetét a movie 3-ban, és a három nagy karakter is találkozik egy filmen belül.