Due astronauti (il giapponese Fuji e l'americano Glenn) si dirigono verso un misterioso Pianeta X scoperto vicino a Giove. Improvvisamente vengono attaccati da King Ghidorah, e vengono salvati dagli alieni chiamati Xiliens. Gli alieni spiegano che sono costretti dalle continue incursioni di King Ghidorah (che loro chiamano Mostro 0) a vivere nel sottosuolo. Per questo chiedono ai terrestri di aiutarli: se loro 'presteranno' agli Xiliens Godzilla (Mostro 1) e Rodan (Mostro 2) per combattere il Mostro 0, gli alieni in cambio consegneranno un'assistenza alla loro scienza medica.