È circa metà dicembre ed il capo della Brigata SOS Haruhi Suzumiya annuncia ai propri compagni che la brigata terrà un party natalizio nell'aula del proprio club. I membri del club Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina ed Itsuki Koizumi si occupano dei preparativi per il party, come decorazioni e costumi. Ma appena un paio di giorni dopo, Kyon scopre che Haruhi è scomparsa. Ma Haruhi non è soltanto scomparsa: è come se non fosse mai esistita. Mikuru sembra non riconoscere Kyon e afferma di non averlo mai visto prima, Koizumi è come se non si fosse mai trasferito nella loro scuola e Yuki è l'unico membro del club di letteratura, che ovviamente è ospitato nell'aula in cui ci sarebbe dovuto essere la Brigata SOS. E in tutta la scuola nessuno ha mai sentito parlare di Haruhi Suzumiya. Kyon è l'unico in grado di capire cosa sia successo.