La storia degli si svolge nell'anno 2017 a.t.b., a cavallo fra la prima e la seconda serie, quando il Giappone comincia ad accusare colpi dopo la sparizione e la presunta morte di Zero, alter ego di Lelouch a capo dei Cavalieri Neri. La trama prende piede nella superpotenza Euro Universe, la quale, soverchiata dall'aggressiva campagna militare del Sacro Impero di Britannia, spera di cambiare le sorti della guerra formando una speciale divisione conosciuta come wZERO, nella quale milita un promettente pilota di Knightmare Frame, Akito Hyuga. Altro personaggio rilevante sarà Leila Malkal, ex aristocratica britanna votatasi alla causa dell'E.U., la quale capeggia il gruppo di ribelli Wyvern, composto da giovani giapponesi. I Wyvern si lanciano incautamente sul campo di battaglia, dove le possibilità di sopravvivenza sono incredibilmente scarse. Loro combattono per la propria libertà e per una "casa" in cui tornare.