Il Ninja malvagio Mukade sta per essere catturato da Naruto e il suo team quando convoca il potere delle Linee Temporali – un antico canale sotterraneo del chakra. Naruto viene imprigionato dal chakra e rispedito indietro nel tempo nella città di Loran, conosciuta per le sue mille torri. Lì incontra il futuro Quarto Hokage, Minato Namikaze, in una missione top-secret e la Regina di Loran, Sara, il cui governo è minacciato da Mukade. Riuscirà Naruto a tornare nel suo tempo e può un incontro casuale nel passato salvare il futuro?