Dopo essersi stabilito a Green Hills, Sonic è pronto ad avere maggiore libertà. Tom e Maddie accettano allora di lasciarlo a casa mentre loro vanno in vacanza. Ma, non appena partiti, con il dottor Robotnik in compagnia di un nuovo partner alla ricerca di uno smeraldo in grado di costruire e annientare le civiltà, Sonic farà squadra con Tails per intraprendere una nuova missione.