Nel 1999 un'astronave aliena si schianta su un'isola della Terra. Temendo un'invasione aliena, l'astronave viene ricostruita per renderla ammiraglia di una flotta basata sulla nuova tecnologia acquisita. 10 anni dopo, nel giorno dell'inaugurazione della nuova astronave, ribattezzata Super Dimensional Fortress 1 Macross, un meccanismo di autodifesa della nave si attiva inaspettatamente, sparando una cannonata interplanetaria che distrugge alcune navi aliene in orbita intorno alla terra e attirando quindi l'attenzione degli Zentradi, un popolo dedito alla guerra. La flotta aliena attacca quindi la terra. Per allontanare il pericolo dal pianeta, Macross caricherà a bordo gli occupanti dell'isola (diventando quindi una città volante) e farà una piega spazio-temporale (un wormhole); l'astronave uscirà dalla piega per sbaglio nei pressi di Plutone ritrovandosi sola contro una gigantesca flotta di nemici.