검은 조직에 의해 초등학생 코난의 몸으로 작아진 고등학생 명탐정 쿠도 신이치. 천재 건축가 모리야 테이지 교수에게 가든 파티의 초대를 받았지만, 코난인 상태로는 참석할 수 없어 대리인을 부탁하려 소꿉친구 모리 란에게 목소리 변조기를 사용해 신이치로서 전화를 건다. 하지만 란이 신이치의 생일 전날인 5월 3일 밤 10시, 심야 영화를 보자고 조건을 걸어 난처해지고 만다. 약속 당일, 뉴스에서 화약 도난 사건을 보던 코난이자 신이치에게 수상한 협박 전화가 걸려 오고 의문의 남자가 도심 전체를 표적으로 한 연쇄 폭탄 테러를 예고한다. 자신에게 도전장을 내민 연쇄 폭탄 테러임을 알아챈 신이치는 범인과의 숨 막히는 대결 중, 베이카 시티 빌딩에 있는 란이 타깃이 되어 위험에 처했음을 깨닫는데…