미국 캘리포니아주와 시애틀, 관타나모 기지에서 의문의 죽음이 발생한다. 모두 엄청난 출혈 증세를 수반하는 바이러스에 의해 사망한 것. 한편, ‘코버트 원’의 레이첼 러셀은 괴바이러스의 유통책을 역추적하던 작전 수행 중 가까스로 바이러스를 얻어낸다. 그러나 동료 요원인 오란이 배신자임을 알고 코버트 원 본부까지 의심하게 된다. 베를린 출장 중이었던 전직 ‘코버트 원’ 요원 존 스미스는 미국 전염병 연구 기구인 USAMRIID(미 육군 감염 질환 연구센터)로 자리를 옮기고 그곳에서 약혼자 소피 암스덴 박사를 만나 행복한 나날을 보내고 있었다. 그러나 죽은 줄로만 알았던 과거의 동료 ‘빌 그리핀’이 베를린 출장길에 나타난다.바이러스로 인해 비상이 걸린 미 당국은 USAMRIID 최고의 박사, 존 스미스와 소피 암스덴에 송환 명령을 내리고 존과 소피는 본격적으로 바이러스의 정체에 대한 조사에 착수하는데...