이집트 알렉산드리아 항에 거대 상어인 '메갈로돈'이 나타나 배를 침몰시키고 인간을 공격하자 전 세계는 공포에 빠진다. 미 해군은 거대 상어를 상대하기 위해 거대상어 로봇 '메가 샤크'를 만들고, '로지'와 '잭'은 이를 조종해 거대 상어와 맞선다. 하지만 메갈로돈은 메가 샤크의 공격에도 꿈쩍하지 않고, 메가 샤크가 발사한 어뢰를 쳐내며 오히려 함선을 침몰시키고 석유 굴착 장치를 파괴한다. 새로운 사실을 알게 된 로지는 즉시 시드니로 향하고, 잭은 메가 샤크를 조종해 메갈로돈을 없애려 하지만 이전의 대결로 인해 프로그램이 손상된 메가 샤크가 인간을 공격하면서 그들은 절체절명의 위험에 빠지게 되는데...