도토리를 쫓던 스크랫이 이번에는 우주로 날아가 태양계를 위협하는 행성 충돌 사건을 일으킨다. 이로 인해 거대 운석이 지구로 향해 떨어지는 사상 초유의 위기가 닥치고, 시드와 매니, 디에고를 비롯한 그의 친구들은 안전한 곳을 찾아 머나먼 땅으로 떠나야만 한다. 다시 돌아온 벅은 그들을 이끄는 길잡이가 되고 요가의 대가 샹그리라마, 초절정 미녀 브룩 등이 있는 지오토피아를 만난다. 과연 그들은 지구의 위기를 뚫고 모두를 구해낼 수 있을 것인가? 우주 사상 초유의 모험이 시작된다!