할아버지의 죽음의 단서를 쫒던 제이크는 시간의 문을 통과해 놀라운 비밀과 마주한다. 시간을 조정하는 능력을 가진 미스 페레그린과 그녀의 보호아래 무한 반복되는 하루를 사는 특별한 능력의 아이들, 그리고 그들을 사냥하는 보이지 않는 무서운 적 할로게스트. 미스 페레그린과 제이크를 비롯한 아이들은 살아남기 위해 할로게스트에 맞서야 한다. 시간과 공간을 넘나들며 펼쳐지는 이들의 대결이 팀 버튼의 마법같은 상상력으로 펼쳐진다.