지상 최대의 테마파크 쥬라기 월드가 폐쇄된 지 3년 후. 이슬라 누블라의 활화산 시보산이 분화하려는 조짐을 보이자 조짐에 뉴스에서는 이와 더불어 공룡들의 보호에 관련된 시위나 소식들을 보도한다. 오웬(크리스 프렛)과 클레어(브라이스 달라스 하워드)는 벤자민 록우드(제임스 크롬웰)의 부탁으로 공룡들의 멸종을 막기 위해 이슬라 누블라 섬으로 떠난다. 한편 진화된 공룡들을 이용하려는 세력의 거대한 음모가 드러나고, 절대 지상에 존재해선 안될 위협적 공룡들이 마침내 세상 밖으로 등장하게 되는데...