독일 잠수함 유보트가 맹활약하던 2차대전 당시의 북대서양. 연합군은 그들의 공격으로 천여 척의 배를 잃었고 이윽고는 해상 보급라인까지 위협받기 시작했다. 가장 큰 이유는 독일 유보트의 무선 암호를 해독할 수 없었기때문. 이때 독일 U-571 잠수함이 연합군의 폭격으로 일부가 파손된 채 대서양에 떠있게 된다. 정보를 입수한 연합군은 긴급 특수작전을 계획한다. 작전을 위해 1차 세계대전때 만들어진 미 잠수함 S-33호가 채택된다. 함장 마이크 댈그런(빌 팩스톤)과 보좌관 대위 앤드류 타일러(매튜 맥코너히)를 비롯한 수병들은 영문도 모른 채 작전에 긴급 투입된다. 바다 한가운데에서 비밀 작전의 내막을 전해들은 그들. 이들의 목표는 '트로이의 목마'처럼 S-33호를 독일 유보트로 위장한 채 U-571에 접근하여 암호해독기를 탈취하는 것. 독일군과의 목숨을 건 총격전 후 앤드류 대위 일행은 U-571에 잠입하는데 성공한다. 그러나 이를 눈치챈 독일구축함의 공격이 시작되고, 이제 그들은 적진에 포위된 채 U-571로 탈출해야 하는데...