평성 모스라 시리즈의 마지막 작품으로, 모스라가 최강의 적인 킹기도라를 물리치기 위해 최종 전투 모드인 '갑옷 모스라’로 변신하여 마지막 전투에 도전하는 이야기. 악명 높은 괴수 킹기도라가 부활하고, 새로운 에너지원을 찾아 일본 전역의 아이들을 하나씩 납치한다. 킹기도라는 우주에서 날아온 운석에서 나타나 일본 전국을 날아다니며 아이들을 납치하여 후지산 기슭에 나타난 돔에 가두었다. 위기를 감지한 요정인 에리아스 자매는 인판트 섬에서 모스라를 불러 킹기도라에 맞서지만, 백악기 지구에서 공룡을 멸종 위기에 빠뜨린 킹기도라에게는 이길 수 없었다. 이런 상황에서 모스라는 과거로 돌아가서 아직 어린 킹기도라를 물리치는 전략을 세운다. 그러나 이 작전에는 큰 위험이 따르는데, 한 번 과거로 가면 다시 현재로 돌아올 수 없기 때문이다. 이 최대의 위기에도 불구하고, 모스라는 어떤 일이 있어도 결심을 굽히지 않는다. 이렇게 모스라는 과거의 킹기도라와 싸우게 되고, 그 결과로 현재의 킹기도라가 고통받게 된다. 그러나 킹기도라는 다시 부활하게 되고, 모스라는 최종 변신인 '갑옷 모스라’로 변신하여 킹기도라와 마지막 전투를 벌이는데...