중학생이 된 ‘펠레’는 여전히 슈퍼 히어로 ‘앤트보이’로서 시민들을 지키고 범죄자를 소탕한다! 게다가 짝사랑하던 ‘아이다’와도 사귀게 되며 하루하루 행복한 나날을 보낸다. 그러던 어느 날, 익명의 영웅이 나타나 ‘앤트보이’의 자리를 넘보고 설상가상으로 감옥에서 악당 ‘플리’가 석방되며 두려움에 빠져버린 ‘펠레”! 한편, ‘엑소팜’의 새로운 CEO로 임명된 ‘듀포트’는 세계를 정복하기 위해 ‘앤트보이’를 함정에 빠트리는데…