오키나와의 아즈미 공주는 도시가 거대 괴수에 의해 멸망하는 끔찍한 환상을 목격한다. 한편, 동굴 탐험가인 시미즈 마사히코에 의해 알 수 없는 금속이 발견되고, 금속은 미야지마 교수에게 인계되어 조사된다. 한편 마사히코의 동생인 시미즈 케이스케가 이끄는 발굴단은 '검은 구름이 산 위에 나타나 세상을 멸망시킨다.'는 불길한 예언이 그려진 방과 벽화가 우연히 발견하고, 케이스케는 고고학자인 사이고 카네시로와 함께 예언서를 번역한 결과, 예언서의 내용과 동굴에서 발견된 조각상은 오키나와에 존재했던 전설의 괴물, 킹 시사와 관련되어 있던 것이 확인된다. 그때 갑자기 괴한이 카네시로의 집에 침입하여 킹 시사의 조각상을 탈취하려 하지만 시미즈 마사히코와 격투를 벌인 끝에 조각상 탈취를 실패하고 결국 도주한다. 머지않아 검은 구름이 산처럼 형성되고, 고지라가 후지산에 등장하면서 날뛰기 시작한다[스포일러]. 갑자기 안기라스가 등장하면서 고지라의 팔을 할퀴자, 고지라의 상처에서 금속이 살짝 드러난다. 그러자 고지라는 안기라스의 턱을 찢어서 안기라스를 제압하고, 싸움에서 진 안기라스는 결국 도망친다.