1897년 영국 런던에서 올리비아라는 쥐 소녀가 생일을 맞았는데 그녀의 아버지가 유괴당했다. 올리비아는 아버지를 찾아줄 사람을 찾다가 군 복무에서 돌아온 데이빗 도슨 박사와 만나고, 둘은 바실에게 도움을 요청하는데, 이야기를 들은 바실은 라티건 교수가 벌인 일이 틀림없다고 한다. 그는 올리비아와 도슨 그리고 개 토비와 함께 라티건을 추적하기 시작한다. 그러나 도중에 올리비아는 라티건에게 납치당하고...