아수라 남작은 일본을 정복하기 위해 대령기계군단을 이끌고 쳐들어온다. 코우지의 마징가 Z와 그레이트 마징가는 아수라의 집단에 대항하던 중 순간의 방심으로 위기에 몰려 마징가를 빼앗기고 코우지는 행방불명이 되어버린다. 아수라는 마징가를 개조하여 자신이 직접 조종대에 올라 광자력 연구소를 습격하지만 정체불명의 로봇이 나타나 아수라 마징가를 공격한다. 한편 코우지는 마징카이저와 할아버지의 비밀기지를 찾아내는데...