Drie jaar voordat het verhaal begint, verschijnt er een groot ruimteschip boven Tokio. Er volgt een eenzijdige oorlog tegen de ogenschijnlijk onschuldige buitenaardse wezens, die tot controverse en pacifisme leiden. Ondanks deze unieke en tragische gebeurtenis gedragen middelbare scholieren Koyama Kadode en Nakagawa Ouran zich alsof er niets is veranderd. Ze leven hun dagen zoals ze altijd hebben gedaan. De focus van dit verhaal ligt niet op de invasie van buitenaardse wezens, maar op de menselijke natuur, de dialoog, het opgroeien en het leven.