Drie jaar voordat het verhaal begint, verschijnt er een groot ruimteschip boven Tokio. Er ontstaat een eenzijdige oorlog tegen de ogenschijnlijk ongevaarlijke buitenaardse wezens, die leidt tot controverse en pacifisme. Ondanks deze unieke en tragische gebeurtenis gedragen de middelbare scholieren Koyama Kadode en Nakagawa Ouran zich alsof er niets is veranderd. Ze leven hun dagen zoals ze altijd hebben gedaan. De focus van dit verhaal ligt niet op de buitenaardse invasie, maar op de menselijke natuur, dialoog, opgroeien en leven.