Een oude voorspelling komt uit als de Pokémon Articuno, Zapdos en Moltres na eeuwen van harmonie worden verstoord. De natuurelementen raken uit hun evenwicht en het leven op aarde hangt af van de onwaarschijnlijke samenwerking tussen de mythische Pokémon Lugia en een mysterieuze 'uitverkorene' waarvan in de legende sprake is.