Het lichaam van Spock rust op de nieuwe Genesisplaneet, maar Kirk vindt absoluut geen rust nu zijn beste vriend hem heeft verlaten. Zeker niet als hij ontdekt dat Spocks eeuwige ziel op McCoy is overgedragen en er nog steeds kans blijkt te zijn op Spocks redding. Tegen alle regels in kaapt hij de Enterprise om samen met de nu zeer onevenwichtige McCoy naar Genesis af te reizen.