De stad wordt opgeschrikt door twee terroristische aanslagen. Enerzijds trachten Motoko en Batou een terroristische organisatie te stoppen die een gedeelte van de stad probeert in te nemen. Anderzijds onderzoekt Togusa een bomaanslag op een dam, waarbij een man met een prothetisch been is omgekomen. Ogenschijnlijk lijken de zaken niet met elkaar te maken te hebben, maar langzaamaan wijzen alle sporen naar de nieuwe liefde van Motoko, Akira Hose, een specialist in prothetische onderdelen.