Gintoki reist vijf jaar naar de toekomst en vindt een woestenij waarin zijn beschermelingen, Kagura en Shinpachi, uiteen zijn gedreven, en zijn veranderd in geharde vigilantes, terwijl hij zelf al jaren vermist is. Hij herenigt ze om de waarheid te vinden achter de epidemie die Edo teistert, en te ontdekken hoe ze de situatie kunnen herstellen. De sleutel hiertoe blijkt in zijn donkere verleden te liggen, en samen met zijn vrienden confronteert hij zijn verleden en vecht hij voor de toekomst.