Peter Wilcox, als schipper van de 'Rainbow Warrior', een Greenpeace-schip, meert aan in Auckland, juli 1985, ter voorbereiding op een protest tegen Franse kernproeven in de Stille Zuidzee. Wanneer een bom het schip openscheurt en een bemanningslid doodt, moet hij de politie-inspecteur ervan overtuigen dat dit een terroristische daad is. Vastbesloten om niet toe te staan dat krachten van buitenaf hun haven bedreigen, zet de politie de achtervolging in op de verantwoordelijken. De gebeurtenissen die volgen brengen de regering van een geallieerde natie bijna ten val.