Ninja Resurrection speelt zich af in het Tokugawa-tijdperk, in een tijd waarin christenen in Japan werden vervolgd. De leider van de Shimabara-opstand, Amakusa Shirō, hoopte weerstand te bieden aan de regeringstroepen die christenen zoals hij aanvallen, maar wordt vermoord. Kort daarna keert Amakusa's rusteloze geest terug om zijn gevallen kameraden te wreken en is het aan Yagyū Jūbei Mitsuyoshi om een ​​einde te maken aan de demonische aanval.