De drie broers ontdekken dat het menselijke experiment dat verboden was na de vernietiging van de 'Orochi' nog steeds aan de gang is om in het geheim de boze slang weer tot leven te wekken. Ze ontdekken ook dat voormalige leden van de Yamainu (de Japanse militaire eenheid die is opgericht om de slang te doden) achter deze samenzwering zitten. De broers vechten opnieuw samen in een strijd tegen het leger.